หนึ่งในบททดสอบการปฏิบัติธรรมที่เข้มข้นที่สุดของพระพยอม กลฺยาโณ คือการออกจาริกธุดงค์และเลือกพำนักปฏิบัติธรรมใน ป่าช้า ท่านไม่ได้มองป่าช้าเป็นเพียงสถานที่น่ากลัวหรือเต็มไปด้วยเรื่องลี้ลับ แต่มองเป็น "ห้องเรียนมหาวิทยาลัยชีวิต" ที่ดีที่สุดในการเรียนรู้สัจธรรม
การใช้ชีวิตอยู่ท่ามกลางกลิ่นอายความตายและความเงียบสงัดในยามค่ำคืน เป็นอุบายธรรมสำคัญในการบีบคั้นกิเลสและตัณหาให้แสดงตัวออกมา ทำให้ท่านสามารถเผชิญหน้ากับความกลัวที่ซ่อนลึกอยู่ในจิตใจได้อย่างใกล้ชิดและตรงไปตรงมา
พระพยอมเคยปรารภถึงการปฏิบัติธรรมในป่าช้าไว้ว่า "คนเรามักกลัวผีในป่าช้า แต่ไม่ยักษ์กลัวผีกิเลสที่หลอกหลอนอยู่ในการดำเนินชีวิตประจำวัน" การนอนเคียงข้างกองฟอนหรือหลุมศพช่วยย้ำเตือนสติว่า เวลามีจำกัด และความตายไม่มีนิมิตหมายล่วงหน้า
ความเพียรพยายามขัดเกลาจิตใจอย่างอุกฤษฏ์ในสถานที่แห่งนี้ ได้กลายเป็นทุนรอนทางปัญญาอันล้ำค่า ที่ทำให้คำสอนและการแสดงธรรมของท่านในเวลาต่อมา ทรงพลัง เด็ดขาด และสามารถกระชากใจผู้ฟังให้ตื่นรู้จากความมัวเมาในโลกีย์ได้อย่างอัศจรรย์
เริ่มต้นปฏิบัติธรรมในป่าช้าตั้งแต่พรรษาแรก ณ วัดสังวรพิมลไพบูลย์ ต่อมาได้ศึกษาต่อที่เขานางเอ สวนโมกขพลาราม และยังคงมุ่งมั่นปฏิบัติในป่าช้าอย่างต่อเนื่องหลังจากนั้น
ประสบการณ์ครั้งแรกที่ไปปฏิบัติธรรมในป่าช้าก็คือ เคยเจอหมาดำวิ่งผ่านไป และคิดทันทีเลยว่าเป็นผี แต่พอยืนนิ่งดู พิจารณาให้แน่ชัด สิ่งนั้นกลับไม่ใช่ผี ที่เป็นเช่นนี้ เพราะสะสมความกลัวผีไว้มากตั้งแต่ยังเล็กๆ กลัวที่สุด ล้างยากมาก เป็นเรื่องของสัญญาเก่ากำเริบ
ที่ป่าช้า จะเจริญอสุภกรรมฐาน หรือพิจารณาซากศพ เพราะขณะนั้นทรมานเรื่องเพศมาก พระจะมีปัญหาเรื่องเพศและทรมานเรื่องเพศ ถ้าไม่แก้ปัญหาเรื่องนี้ให้ได้ จะไม่สามารถครองสมณเพศได้ เมื่อไปเห็นซากศพ ก็จะมองผู้หญิงราวกับว่าเป็นซากศพ เพื่อทำให้ไม่เกิดความกำหนัด ความใคร่และความคิดผูกพันมีใจจดจ่ออยู่กลับเรื่องทางเพศ จึงเน้นการพิจารณาอสุภหรือซากศพ เป็นอย่างมาก เพราะตั้งใจไว้แล้วว่าจะไม่สึกอย่างเด็ดขาด จึงสะสมกรรมฐานนี้ไว้มากกว่ากรรมฐานอื่น ทั้งๆ ที่การเจริญอสุภกรรมฐานไม่ใช่สิ่งที่จะทำให้พ้นทุกข์ได้อย่างสิ้นเชิง เพราะเปรียบเสมือนก้อนหินที่ทับหญ้าไว้ ทำให้ความกำหนัดหรือความต้องการทางเพศสงบลงเพียงชั่วคราวเท่านั้น การเจริญอานาปานสติอย่างถูกต้องจะส่งผลให้ผู้ปฏิบัติเกิดปัญญาบรรลุธรรม จนหลุดพ้นจากความทุกข์ได้ แต่ก็มีบ้างเหมือนกันที่การหลุดพ้นนั้นเกิดจากการบรรลุฌานชั้นสูง"
บ่อยครั้งที่จะระลึกถึงพุทธภาษิตบทที่ว่า
"เมื่อเห็นประโยชน์ตน รีบทำประโยชน์ตน
เมื่อเห็นประโยชน์ผู้อื่น รีบทำประโยชน์ผู้อื่น
หรือทำทั้งประโยชน์ตนและผู้อื่นให้ถึงพร้อมกันไปด้วยความไม่ประมาท"
อีกไม่นานก็ตายแล้ว ถ้าตายก็จะไม่ได้ทำ จึงรีบทำและใช้ร่างกายให้เต็มที่ จะเอาเหงื่อรับใช้พระพุทธเจ้า เหนื่อยเพื่อพระพุทธเจ้า เหนื่อยเพื่อพระพุทธศาสนา จะไม่เหนื่อยเพื่อลูกเพื่อภรรยา อย่างผู้ชายที่เคยเป็นเพื่อนฝูงกัน เคยไปเห็นเพื่อนๆ แต่ละคนโทรมมาก มักจะมีคนมาพูดให้ฟังว่า เวลาผ่านไปนานหลายปี พระพยอมก็ยังดูไม่เปลี่ยนแปลงไปมากมายนัก จึงบอกกับตัวเองว่า ที่เป็นเช่นนี้เพราะอานุภาพของธรรมะ
เมื่อทำงาน งานนี่แหละคือกรรมฐาน เมื่อทำงานด้วยความเสียสละ จะเกิดปีติมาหล่อเลี้ยงใจ และตรงกับคำสอนของท่านเจ้าคุณอาจารย์พุทธทาสที่กล่าวไว้ว่า
"เอาเหงื่อล้างความเห็นแก่ตัว"
ถ้าทำงานตากแดดแล้วดำ ก็ให้ดำไป ถ้าหากคิดว่าดำ แล้วทำให้ไปออกรายการโทรทัศน์ไม่ได้หรือดูไม่ดี แสดงว่ายังติดเนื้อหนังติดตัวตน..."
ทำโยนิโสมนสิการบ่อยมาก โดยเฉพาะอย่างยิ่งเวลาเข้าห้องน้ำและทำงาน แม้กระทั่งขณะดูรายการทีวี บางรายการ ดูแล้วรู้สึกสมเพชมาก ปลงมาก จะมีความรู้สึกว่าทำไมเขาจึงทำอะไรที่โง่ๆ เช่นนั้น แต่ในขณะเดียวกันก็ได้ปัญญาด้วย ขณะดูทีวีนี่แหละจะเกิดอารมณ์กรรมฐาน ซึ่งได้ผลดีกว่าการนั่งหลับหูหลับตาเสียอีก
บ่อยครั้งที่ใช้ความคิดในเชิงวิเคราะห์แบบโยนิโสมนสิการขณะที่ดูทีวี และรู้สึกว่าตนเองโชคดีจริงๆ ที่รอดมาได้จากกิจกรรมต่างๆ ที่โง่ๆ เลวๆ ชั่วๆ ถ้าหากไม่บวช ก็คงจะโง่อย่างหัวปักหัวปำ เขาเปลี่ยนผัวเปลี่ยนเมียกัน ไม่รู้ว่าจะเปลี่ยนกับเขาบ้างหรือเปล่า ถ้าหากมีอย่างเช่นที่เขามีกัน แต่ถ้าอยู่อย่างนี้แล้วไม่เปลี่ยนอะไรเลย ชีวิตอยู่นิ่ง
รู้สึกว่าตอนนี้อายุมาก เหตุการณ์ต่างๆ และกิจกรรมของสังคมมนุษย์ เรื่องราวเกี่ยวกับเด็กตลอดจนการบ้านการเมือง น่าเป็นห่วงที่สุด ทำให้คิดอยากทำอยากช่วย ด้วยเหตุนี้จึงมีแต่ความทุ่มเท สมองไม่ได้คิดถึงเรื่องผู้หญิงและเรื่องเงิน ด้วยเหตุนี้จึงคิดว่า ไม่ต้องทำกรรมฐานหลับหูหลับตาทุกวัน แต่ก็ทำประโยชน์ได้ แล้วใจก็ดี ใจก็คิดดี เป็นใจที่คิดสละให้ และไม่ค่อยห่วงกังวลเรื่องความดำ กลัวคนอื่นจะไม่ชอบที่ไม่ขาว ไม่สวยเหมือนสมัยก่อน..."
ท่านได้กล่าวสรุปไว้ว่า ที่ท่านปฏิบัติอยู่นี้น่าจะถูกทางกว่าที่แล้วมา แต่ก็มักจะมีคนมาถามท่านบ่อยๆ ว่า
"ทำงานทั้งวัน มีเวลาปฏิบัติหรือ ?..."
(**ที่เป็นเช่นนี้เพราะมักจะเข้าใจกันว่าการปฏิบัติธรรม คือการนั่งสมาธิและการเดินจงกรมเท่านั้น แต่แท้ที่จริงแล้วการทำงานคือการปฏิบัติธรรม เนื่องจากงานที่ทำนั้นคือกรรมฐาน, กรรมฐาน หมายถึง อุบายทางใจ, วิธีฝึกอบรมจิต หากทำงานพร้อมๆ กับฝึกอบรมจิตไปด้วย ก็ถือได้ว่าการทำงานคือการปฏิบัติธรรม)